Van de 24 bezwaren op de verleende vergunning wees de Raad van State er vijf toe. Allereerst moet de bouw van de centrale in samenhang met de verdieping en vergroting van de Eemshaven worden beoordeeld. Verder moet er nader onderzoek plaatsvinden naar de gevolgen van stikstof op de Duitse Waddeneilanden. Ook oordeelt de RvS dat er onderzoek moet komen naar de effecten van de trillingen van het heien op zeehonden en bruinvissen in de Waddenzee. Ten vierde zijn de effecten van koelwaterlozingen op de Waddenzee te mager omschreven. Tot slot moet, (naar aanleiding van beroep door RWE), beter gemotiveerd worden of een lichtuitstraling door RWE van 0 lux op de rand van de Waddenzee haalbaar is. In de nieuwe vergunning kan deze verduidelijking alsnog worden gegeven.
Bij de bouw van de centrale in de Eemshaven zijn veel partijen betrokken. Het college van GS wil graag een betrouwbare partner zijn en blijven in de totstandkoming van de centrale. Bovendien zijn er geen effecten op de natuur die een bouwstop op dit moment rechtvaardigen. Daarom heeft ze besloten de bouw nu niet stil te laten leggen.
Mede op basis van recente informatie zal een vernieuwde vergunningsaanvraag van RWE weer in behandeling worden genomen. Uitgangspunt van de provincie is dat bij het verlenen van de vergunningen voor de bouw van de centrale zowel de belangen van de kwetsbare natuurwaarden in de Waddenzee als de economische ontwikkeling van het Eemsdelta-gebied op een verantwoorde manier wordt genomen.
