Het water van de Kardingerplas komt uit het Boterdiep. Een helofytenfilter, wat eigenlijk een soort moeras is met daarin helofyten als riet, zorgt voor schoon water. De doorvoercapaciteit van het filter was voorheen te klein. Het waterschap en de gemeente besloten om deze capaciteit te vergroten. Zodoende wordt het water in minder tijd gezuiverd. Het water van de Kardingerplas is nu schoner dan ooit.
Blauwalg komt in de zomer regelmatig voor. Direct contact met de algensoort is slecht voor de gezondheid van mens en dier. De Nederlandse wateren worden door de waterschappen nauwlettend gecontroleerd op blauwalg.